収用換地等により補償金等を取得した場合、一定の要件を満たすことにより5,000万円の特別控除の特例を受けることができる。しかし、1つの収用等で2年以上にわたって資産の譲渡を行った場合、最初の年の譲渡には当該特別控除の特例を適用せず、後の年の譲渡に適用するといった、譲渡年に係る特別控除の選択適用はできないので留意しておきたい。

収用時期が異なるケース
　1つの収用等による資産の譲渡が2年以上にわたる場合として、たとえば、A社（3月決算法人）が、1つの収用等により平成20年4月に資産Aに係る対価補償金3,000,000円を受領したが、平成21年12月までに資産Bに係る対価補償金など合計30,000,000万円を受領する予定があるといったケースが考えられる。この場合、1つの収用等による譲渡が2以上あり、その譲渡の時期が2年以上にわたることになる。そこでA社では、平成21年3月期において特別控除の特例の適用を受けずに、平成22年3月期に当該特別控除の適用を受けることができるかが問題となる。
　この点について措置法65条の2第3項2号では、1つの収用等による譲渡が2以上あった場合において、これらの譲渡が2以上の年にわたって行われるときは、最初の譲渡があった年において譲渡された資産以外の資産については、特別控除の特例の適用はできないと規定している。
　したがって、上記ケースでは、平成19年4月に譲渡した資産Aについては当該特別控除の特例の適用を受けることはできるが、資産Bが後の年に譲渡された場合については、当該特例の適用がないことになる。

措置法通達には適用除外の定め
　なお、措置法65条の2第3項2号の適用については、措置法通達65の2−10が（1）施行地の計画変更に伴い拡張された地域について施行される事業、（2）2以上の事業場ごとに区分して施行される事業、（3）1期工事、2期工事等と地域を区分して計画され、計画に従って地域ごとに時期を異にして施行される事業に係る地域を除外しているので、併せて確認しておきたい。

措置法65条の2第3項2号
　前二項の規定は、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、当該各号に定める資産については、適用しない。
二　一の収用換地等に係る事業につき前二項に規定する資産の収用換地等による譲渡が二以上あつた場合において、これらの譲渡が二以上の年にわたつてされたとき。当該資産のうち、最初に当該譲渡があつた年において譲渡された資産以外の資産