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大阪国税局は4月24日付で、｢基金拠出型の社団医療法人における基金に関する法人税及び消費税の取扱いについて｣と題する文書回答を公表した。大阪国税局によれば、持分の定めのない医療法人の基金は、資本金等の額の算出基礎となる「資本金の額又は出資金の額」（法人税法2条16号）に該当しないとしたほか、同法人の事業年度開始の日における基金の額は、基準期間がない法人の納税義務の免除の特例に掲げる「資本金の額又は出資の金額」（消費税法12条の2）に該当しない旨を明らかにしている。
出資持分のある医療法人は設立できず
平成19年4月施行の改正医療法により、同法施行後は出資持分のある社団医療法人は設立できないこととされた。これに伴い、持分の定めのない医療法人の活動の原資となる資金の調達手段として基金への拠出を募集することができることとされたが、今回の事前照会は、この基金の税務上の取扱いを問うものとなっている。
医療法上の持分の定めのない医療法人における基金とは、①社団医療法人に拠出された金銭その他の財産であって、当該社団医療法人が基金の拠出者に対して返還義務を負う、②医療法人の議決権については、基金の拠出者が議決権を有する旨の規定はなく、社団医療法人の社員が各1個の議決権を有する、③社団医療法人が破産手続開始の決定を受けた場合においては、基金の返還に係る債権は約定劣後破産債権となる、④基金の返還に係る債権には利息を付すことができないなどの特性を有している。
配当請求権などの権利はなし
大阪国税局によれば、株式会社の株主または持分会社の社員は、その有する株式の引受価額を限度とした有限責任または無限責任を負う一方、（1）剰余金または利益の配当を請求する権利、（2）残余財産の分配を受ける権利、（3）株主総会における議決権または持分会社の業務を執行する権利を有していると指摘。
これに対して、基金の拠出者は、医療法施行規則の規定および医療法人との間の合意に基づき返還を受ける権利を有しているものの、有限責任または無限責任を負っているものではなく、前述の（1）～（3）までの権利は有していないこととされている。また、持分の定めのない社団医療法人は、拠出者に対して基金の返還義務を負っているとともに、基金は破産手続開始の決定を受けた場合、拠出者において約定劣後破産債権とされることから、債務と同様の性質を有しているものと認められる。
したがって、基金の拠出者にとって、基金への拠出額については、出資金の額には該当しないとしている。
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